SNP基因分(fēn)型技術原理(lǐ)是PCR擴增含有SNP的(de)基因組片段，主要特點是準确性高(gāo)、靈活性強、通(tōng)量大(dà)，主要方法是TaqMan探針法。

技術原理(lǐ)

首先通(tōng)過PCR擴增含有SNP的(de)基因組片段，然後通(tōng)過序列特異性引物(wù)實現單堿基延伸，随後樣品分(fēn)析物(wù)與芯片基質共結晶後在真空管中受瞬時(shí)納秒 (10-9s) 強激光(guāng)激發。核酸分(fēn)子因此解吸附成爲單電荷離子，由于電場(chǎng)中離子飛(fēi)行時(shí)間與離子質量成反比，通(tōng)過檢測核酸分(fēn)子在真空管中的(de)飛(fēi)行時(shí)間而獲得(de)樣品分(fēn)析物(wù)的(de)精确分(fēn)子量，從而檢測出SNP位點信息。

主要方法

1.TaqMan探針法　針對(duì)染色體上的(de)不同SNP位點分(fēn)别設計PCR引物(wù)和(hé)TaqMan探針，進行實時(shí)熒光(guāng)PCR擴增。探針的(de)5’-端和(hé)3’-端分(fēn)别标記一個(gè)報告熒光(guāng)基團和(hé)一個(gè)淬滅熒光(guāng)基團。當溶液中存在PCR産物(wù)時(shí)，該探針與模闆退火，即産生了(le)适合于核酸外切酶活性的(de)底物(wù)，從而将探針5’-端連接的(de)熒光(guāng)分(fēn)子從探針上切割下(xià)來(lái)，破壞兩熒光(guāng)分(fēn)子間的(de)PRET，發出熒光(guāng)。通(tōng)常用(yòng)于少量SNP位點分(fēn)析。

2.SNaPshot法　該技術由美(měi)國應用(yòng)生物(wù)公司（ABI）開發，是基于熒光(guāng)标記單堿基延伸原理(lǐ)的(de)分(fēn)型技術，也(yě)稱小測序，主要針對(duì)中等通(tōng)量的(de)SNP分(fēn)型項目。在一個(gè)含有測序酶、四種熒光(guāng)标記ddNTP、緊臨多(duō)态位點5’-端的(de)不同長(cháng)度延伸引物(wù)和(hé)PCR産物(wù)模闆的(de)反應體系中，引物(wù)延伸一個(gè)堿基即終止，經ABI測序儀檢測後，根據峰的(de)移動位置确定該延伸産物(wù)對(duì)應的(de)SNP位點，根據峰的(de)顔色可(kě)得(de)知摻入的(de)堿基種類，從而确定該樣本的(de)基因型。對(duì)于PCR産物(wù)模闆可(kě)通(tōng)過多(duō)重PCR反應體系來(lái)獲得(de)。通(tōng)常用(yòng)于10-30個(gè)SNP位點分(fēn)析。

3.HRM法　高(gāo)分(fēn)辨率熔解曲線分(fēn)析（HRM）是近幾年興起的(de)SNP研究工具，它通(tōng)過實時(shí)監測升溫過程中雙鏈DNA熒光(guāng)染料與PCR擴增産物(wù)的(de)結合情況，來(lái)判斷是否存在SNP，而且不同SNP位點、是否是雜(zá)合子等都會影(yǐng)響熔解曲線的(de)峰形，因此HRM分(fēn)析能夠有效區(qū)分(fēn)不同SNP位點與不同基因型。這(zhè)種檢測方法不受突變堿基位點與類型的(de)局限，無需序列特異性探針，在PCR結束後直接運行高(gāo)分(fēn)辨率熔解，即可(kě)完成對(duì)樣品基因型的(de)分(fēn)析。該方法無需設計探針，操作簡便、快(kuài)速，成本低，結果準确，并且實現了(le)真正的(de)閉管操作。

4.Mass Array法　MassARRAY分(fēn)子量陣列技術是Sequenom公司推出的(de)世界上領先的(de)基因分(fēn)析工具，通(tōng)過引物(wù)延伸或切割反應與靈敏、可(kě)靠的(de)MALDI-TOF-MS技術相結合，實現基因分(fēn)型檢測。基于MassARRAY平台的(de)iPLEX GOLD技術可(kě)以設計最高(gāo)達40重的(de)PCR反應和(hé)基因型檢測，實驗設計靈活，分(fēn)型結果準确性高(gāo)。根據應用(yòng)需要，對(duì)數十到數百個(gè)SNP位點進行數百至數千份樣本檢測時(shí)，MassARRAY具有最佳的(de)性價比，特别适合于對(duì)全基因組研究發現的(de)結果進行驗證，或者是有限數量的(de)研究位點已經确定的(de)情況。

5.Illumina BeadXpress法　采用(yòng)Illumina公司的(de)BeadXpress系統進行批量SNP位點檢測，可(kě)以同時(shí)檢測1-384個(gè)SNP位點，往往用(yòng)于基因組芯片結果确認，适合高(gāo)通(tōng)量檢測。微珠芯片具有高(gāo)密度、高(gāo)重複性、高(gāo)靈敏度、低上樣量、定制靈活等特點，極高(gāo)的(de)集成密度，從而獲得(de)極高(gāo)的(de)檢測篩選速度，在高(gāo)通(tōng)量篩選時(shí)可(kě)顯著降低成本。