1. STR背景
近年來(lái),ATCC、DSMZ、JCRB等國際知名細胞庫已将STR基因分(fēn)型列爲細胞鑒定的(de)金标準。
短串聯重複序列(STR)也(yě)稱爲微衛星标記(Microsatellite),是廣泛分(fēn)布在真核生物(wù)基因組中的(de)簡單重複序列。其核心序列(長(cháng)度爲1~6個(gè)堿基)重複次數存在個(gè)體差異多(duō)态性,因此STR也(yě)被稱爲細胞的(de)DNA指紋。它具有多(duō)态性高(gāo)、穩定可(kě)靠等特點,因此是一種十分(fēn)理(lǐ)想的(de)分(fēn)子标記。
2. 流程
①若有相近種屬STR位點資料,從有關數據庫(GenBank, EMBL DDBJ等)或文章(zhāng)中查詢現成STR位點;
若無相近種屬STR位點借鑒需構建基因組文庫
②篩選STR位點
③獲得(de)引物(wù)
④PCR擴增
⑤凝膠電泳
⑥熒光(guāng)引物(wù)PCR
⑦STR測序(ABI 進行毛細管電泳)
⑧數據處理(lǐ)
3. 特點
①STR在真核生物(wù)基因組中分(fēn)布廣、多(duō)态性豐富;
②其産物(wù)進行測序膠電泳分(fēn)離時(shí)單堿基分(fēn)辨率高(gāo)、遺傳信息量大(dà);
③STR具有很好的(de)穩定性和(hé)多(duō)态性,DNA用(yòng)量少,技術要求低,成本低廉,PCR擴增的(de)可(kě)重複性高(gāo)。
4. 應用(yòng)
①親緣關系鑒定
②個(gè)體識别
③基因定位
④細胞來(lái)源判定
⑤構建遺傳圖譜
⑥群體間遺傳距離分(fēn)析
⑦進化(huà)和(hé)遺傳多(duō)樣性研究
⑧遺傳标記選擇
⑨建立DNA指紋
⑩用(yòng)于品種鑒定
⑪利用(yòng)标記輔助選擇,加快(kuài)育種速度
5. 服務結果展示
①DNA提取定量結果(Qubit定量)
②DNA瓊脂糖凝膠電泳結果
③STR測序結果及分(fēn)析
④樣本遺傳同一性與遺傳距離
⑤樣本親緣關系樹狀圖
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